	Developer: Bowtie
	OS: Windows
	Lisensi: Freeware
	Ukuran: 10MB
	(1 votes, average: 5.00* out of 5)* Loading...

Bowtie adalah softwrae open source untuk bioinformatika. Aplikasi nii berperan sebagai short-read aligner yang begitu cepat serta hemat memori. Aplikasi Bowtie dikembangkan pertama kali di tahun 2009 oleh tim yang diketuai oleh Ben Langmead bersama dengan Mihai Pop, Cole Trapnell, serta Steven Salzberg.

Sebenarnya terdapat dua versi aplikasi Bowtie yaitu versi standar (Bowtie 1) dan versi yang sudah ditingkatkan (Bowtie 2). Banyak yang menggunakan Bowtie dan memang aplikasi tersebut mampu memenuhi apa yang menjadi kebutuhan para pengguna. Untuk lebih jelasnya kamu dapat menyimak informasi berikut.

Fitur Utama dan Kelebihan Bowtie

Bowtie mempunyai beberapa fitur seperti berikut:

1. Kecepatan & Efisiensi Memori

Aplikasi Bowtie dapat menyelaraskan tidak kurang dari 25 juta reads 25-bp per jam pada genoma manusia. Selain itu, dengan menggunakan Burrows-Wheeler Transform serta indeks FM-Indes, kamu dapat mengurangi penggunaan memori sampai kurang lebih 3,2 GB ketika melakukan alighnment ke genoma manusia.

2. Mode Alignment Fleksibel

Aplikasi Bowtie mendukung end-to-end, local alignment, dan gapped alignment dengan penalti affine. Ini yang tidak kamu temukan pada Bowtie 1. Ada juga mode paired-end yang disertai juga lebih banyak pilihan seperti mixed overlap, discordant, dovetail, dan contain.

3. Kemampuan Multithreading pada Windows

Fitur berikutnya adalah Bowtie mampu dijalankan pada sistem operasi Windows, terutama Bowtie 2 (termasuk di dalamnya lewat MinGW/MSYS). Aplikasi tersebut juga bisa memanfaatkan banyak prosesor dalam waktu bersamaan dengan menggunakan Intel TBB maupun pthreads.

4. Input/Output Standar Industri

Bowtie mempunyai input dari FASTQ/FASTA serta output pada format SAM yang memang kompatibel terhadap GATK dan SAMtools. Tersedia juga opsi laporan seperti default (best alignment), -k N (hingga N hasil), dan -a (semua hasil).

5. Pengindeksan Referensi

Aplikasi Bowtie memiliki kemampuan untuk membuat berkas indeks .bet2 dari file FASTA yang nanti digunakan di dalam proses alignment. Ada juga versi Large yaitu bt2l dan versi mini yaitu bt2. Kamu juga dapat menggunakannya untuk mengektrak metadata dari indeks, tidak terkecuali daftar urutan referensi.

6. Kustomisasi Tingkat Lanjut

Fitur lain yang juga disediakan Bowtie yaitu seed lenght, interval, penanganan karakter ambigu (N), jumlah mismatch per seed, sampai random seed untuk masing-masing read.

Software Lainnya:

Download Bowtie Terbaru

Secara keseluruhan, aplikasi Bowtie memberi kombinasi antara fleksibilitas, kecepatan, dan efisiensi yang tinggi. Aplikasi yang sangat cocok untuk pipeline bioinformatikan modern, khususnya ketika dijalankan pada OS Windows dengan prosesor multi-core.

Bowtie bukan sekadar alat yang cepat serta hemat memori, melainkan kamu dapat mengandalkannya karena terintegrasi dengan analisis genom, membuatnya pilihan ideal untuk para peneliti bioinformatika masa sekarang.

Editor: Muchammad Zakaria